آنزیم ها

در راستای توسعه فناوری mRNA (رِناپ) و به طور خاص تولید واکسن‌های مبتنی بر این فناوری محققان این شرکت به دنبال توسعه دانش فنی بومی با تکیه بر ظرفیت های بالقوه داخلی برای تولید فرآورده‌های زیست‌فناورانه عمدتاً دارویی مبتنی بر فناوری استفاده از رِناپ (mRNA) هستند. با توجه به راهبردی بودن این دانش و کمبود‌های ناشی از تحریم، زیرساخت‌های مورد نیاز اعم از آنزیم‌ها و بافرها و حتی برخی از دستگاه‌ها توسط دانشمندان مجموعه رِناپ یا در مشارکت با سایر شرکت‌های دانش بنیان پایه‌گذاری و فراهم شد.

Protocol:

– The components are mixed for the reaction.

– The mixture is put in thermocycler.

– The sample is stored at -20°C or loaded into agarose gel.

Basic Information:
Phusion DNA Polymerase is a high-fidelity DNA polymerase used for the amplification of DNA. Phusion is a type of thermostable DNA polymerase that is active at high temperatures and has a proofreading ability, which makes it highly accurate in replicating DNA sequences, with a low error rate compared to other polymerases.

Applications:

  • Polymerase Chain Reaction (PCR)
  • Gibson Assembly Mix Component

Protocol:

–  The components are mixed for the reaction.

–  The sample is stored at -20°C or loaded into agarose gel.

Basic Information:

ReNAPScript IV is a unique MMLV Reverse Transcriptase variant with excellent robustness and reliability in RT reactions. It has significant improvements over wild-type reverse transcriptase in inhibitor resistance, processivity, thermostability, efficient full-length cDNA synthesis, RNase activity, and kinetics.

Applications:

  • Polymerase Chain Reaction (PCR)
  • q-PCR & qRT-PCR

Protocol:

–  The components are mixed and then incubated for at least 1 hour at 37°C.

–  After the reaction, RNA is isolated using an RNA clean-up kit. Then, the sample is stored at -80°C.

Basic Information:

T7 RNA Polymerase is an RNA polymerase present in T7 bacteriophage which transcribes RNA from DNA template under the control of T7 promoter with great specificity. This enzyme is the first choice for in vitro RNA production in the laboratory due its unique properties.

Applications:

  • In-Vitro-Transcription

– The components are mixed and then added to the RNA-primer mix.

–  The mixture is incubated at 50-55°C for 10 minutes.(if using random hexamers, the combined reaction mixture is incubated at 23°C for 10 minutes prior to this step.)

–  The reaction is inactivated by incubation at 80°C for 10 minutes.

–  The sample is stored at -20°C or is used right away for PCR.

Basic Information:

ReNAPScript IV is a unique MMLV Reverse Transcriptase variant with excellent robustness and reliability in RT reactions. It has significant improvements over wild-type reverse transcriptase in inhibitor resistance, processivity, thermostability, efficient full-length cDNA synthesis, RNase activity, and kinetics.
Applications:

  • cDNA synthesis

Protocol:

– The components are mixed and then incubated for 5 minutes at 65°C and then it is put on ice for at least 1 minute.

Protocol:

–  The components are mixed and then incubated for 2-3 hours at 37°C.

Basic Information:

RNase R is a 3′-to-5′ exoribonuclease digesting single-stranded and double-stranded linear RNAs simultaneously with a 3’overhang over 7 nucleotides. However, this enzyme is not effective on circular, lariat, or double-stranded RNA with short overhangs.

Applications:

  • Circular-RNA Production Process

Protocol:

–  The components are mixed and then incubated for at least 1 hour at 37°C.

–  If DNA is used in further reactions, the reaction mixture is purified using Gel/PCR purification.

Basic Information:
BamHI is a type II restriction endonuclease, which recognizes a specific palindromic sequence (5′-GGATCC-3′) in double stranded DNA and cuts specifically after the 5′ guanosine residue. The functional 51 KD enzyme is a homodimer, used as a DNA cutting enzyme to prepare vector and insert sequences for cloning reaction.

Applications:

  • Molecular Cloning
  • Restriction Map Analysis

Protocol:

–  The components are mixed and then incubated for at least 1 hour at 37°C.

–  After the reaction, RNA is isolated using an RNA clean-up kit. Then, the sample is stored at -80°C.

Basic Information:

ReNAP RNase Inhibitor has a very high binding affinity for pancreatic-type ribonucleases, such as RNase A. This recombinant murine RNase inhibitor has significantly improved resistance to oxidation compared to the human/porcine RNase inhibitors, and is stable at low DTT concentrations (less than 1 mM).

Applications:

  • In-Vitro-Transcription
  • cDNA synthesis

Protocol:

–  The components are mixed and then incubated for at least 1 hour at 37°C.

–  After the reaction, RNA is isolated using an RNA clean-up kit. Then, the sample is stored at -80°C.

Basic Information:

Yeast Inorganic Pyrophosphatase is a hydrolase enzyme, which cleaves a bind between phosphates in inorganic pyrophosphate. This enzyme is the first choice for improving in vitro RNA production in the laboratory due its unique properties.

Applications:

  • In-Vitro-Transcription enhancement
آنزیم‌ها

فرایند تولید mRNA یا همان رِناپ در مقیاس صنعتی به آنزیم‌ها و پروتئین‌های مختلفی نیاز دارد که در در بخش‌های مختلفی مانند خطی کردن پلاسمید الگو، سنتز mRNA،  اضافه کردن کلاهک، بهینه‌سازی فرآیند یا مهار آنزیم‌های تجزیه کننده محصول و… بکار می‌روند. ما در رِناپ با تولید آنزیم‌ها و پروتئین‌های مورد نیاز برای تولید محصولات داروییِ رِناپ‌پایه گام مهمی در بومی‌سازی این فرآیند برداشته‌ایم

Pyrophosphatase

پایروفسفاتاز با هیدرولیز گروه‌های پایروفسفات به اورتوفسفات در بسیاری از واکنش‌های بیوسنتتزی که نوکلئوتیدهایی مانند ATP در آن‌ دخیل هستند کاربرد دارد؛ از جمله این واکنش‌ها سنتز RNA و DNA است. حضور این آنزیم در واکنش‌های مذکور باعث افزایش بازدهی بیوسنتز و کیفیت محصول تولیدی می‌شود. پایروفسفاتاز تولیدی مجموعه رِناپ هم اکنون قابلیت استفاده در تولید صنعتی را دارد.

T7 RNA polymerase

آنزیمی با وزن مولکولی 98 کیلو دالتون در فاژ T7 که به طور دقیق پروموتر اختصاصی خود را شناسایی کرده و توالی پایین دست پروموترa را رونویسی می‌کند. این آنزیم به علت ویژگی‌های منحصر به فردی که دارد، به صورتIn-vivo  وIn-vitro  استفاده می‌شود. ویژگی‌هایی مانند تک زیرواحدی بودن، عدم نیاز به سایر پروتئین‌ها مانند عوامل رونویسی، اختصاصیت بسیار بالا برای پروموتر، بازدهی بالا در تولید رونوشت‌های بلند و سرعت بالا باعث شده است کاربرد گسترده‌ای در صنایع نوین دارویی و پژوهشی داشته باشد. در حال حاضر کاربردهای دیگر این آنزیم غیر از تولید فراوردهای دارویی رِناپ‌پایه شامل تولید پروب‌هایRNA ، تولید gRNA برای سیستم کریسپر، تکثیر و تولید RNA به منظور انجام رونویسی در شرایط In-vitro  است.

RNase inhibitor

مهارکننده‌ RNase به دلیل اینکه هیچ اثر مهارکنندگی روی پلیمرازهایی مانند Taq Polymerase و RNA Polymeraseها ندارد مورد توجه دانشمندان در تحقیقات و صنایع وابسته قرار گرفته است. این پروتئین می‌تواند به صورت غیر کووالان انواع RNase را مهار کنند. نظر به مقاومت نوعی موشی این پروتئین در مقایسه با انواع انسانی و خوکی نسبت به اکسیداسیون، در فرآیند تولید واکسن‌های رِناپ‌یایه شرکت، نوع موشی آن تولید شد که به عنوان فاکتوری اساسی در خط تولید استفاده می‌شود.

RNase R

ریبونوکلئاز R، از خانواده RNaseII/RNB با فعالیت اگزونوکلئازی3’ ‌ به‌ 5’ و با وزن مولکولی ۹۲ کیلو دالتون  در تجزیه رشته‌های RNA دارای ساختار نقش ایفا می‌کند. این آنزیم به صورت زیستی و به علت توان تجزیه بخش‌های ساختاری dsRNAها در تخریب rRNA در پایان فاز رشد علاوه بر توان تجزیه ساختار‌های خطی نقش ایفا می‌کند. ویژگی‌های ذکر شده سبب می‌گردد تا RNase R در گستره بالایی از حیات حفظ شده باشد. آنزیم توسعه یافته توسط رناپ خالص شده از E.Coli بوده و به منظور بررسی ساختار‌های lariat و تولید circRNAs ایده‌آل می‌باشد.

 

این آنزیم به واسطه یک ساختار گوه مانند در دامین کاتالیتیک خود توان باز کردن دو رشته متصل به هم در dsRNA را دارا می‌باشد، فعالیت این آنزیم مستقل بوده به طوری‌که در نبود هلیکاز‌های سلولی این آنزیم با فعالیت هلیکازی خود به کمک سلول می‌آید. شایان ذکر است این آنزیم برای اتصال صحیح نیاز به یک اورهنگ با طول حداقلی ۵ نوکلئوتید در انتهای 3’ دارد بنابراین ساختارهایی مانند circRNA از فعالیت این آنزیم در امان هستند.

BamHI

BamH1یک اندونوکلئاز محدود کننده نوع II است که یک توالی پالیندرومیک خاص (5′-GGATCC-3′) را در DNA دو رشته ای تشخیص می دهد و به طور اختصاصی آن را پس از باز گوانین از سمت 5′ برش می دهد.
از این آنزیم می توان برای ایجاد برش های اختصاصی DNA استفاده کرد که از جمله رایج ترین این کاربردها کلون کردن قطعه ژنی مورد نظر در وکتورهای مختلف است. در فرآیند خطی سازی وکتور اختصاصی تولید mRNA نیز،سایت برشی طراحی شده می¬تواند توالی برش BamHI باشد. الگوی برشی ایجاد کننده انتهای چسبنده این آنزیم به اتصال کارآمد مجدد ساختار سازه نوترکیب کمک می کند.